VIEW ARTICLE DOI: 10.1094/ASBCJ-63-0057
Evaluation of Microsatellite Detection Using Autoradiography and Capillary Electrophoresis in Hops. Elena L. Peredo, Departamento Biología de Organismos y Sistemas, Facultad de Biología, Universidad de Oviedo, 33071 Oviedo, Spain; Rosa Arroyo-García, Departamento Biotecnología, INIA, Ctra La Coruña Km7, Madrid, Spain; José Miguel Martínez-Zapater, Departamento Biotecnología, INIA, Ctra La Coruña Km7, Madrid, Spain; and M. Ángeles Revilla (1), Departamento Biología de Organismos y Sistemas, Facultad de Biología, Universidad de Oviedo, 33071 Oviedo, Spain. (1) Corresponding author. Phone: +34.985.10.48.12; Fax: +34.985.10.48.67; E-mail: <arevilla@uniovi.es> J. Am. Soc. Brew. Chem. 63(2):57-62, 2005. Accepted October 29, 2004.
Two sequence tagged sites (STS) detection techniques were used in the identification of 25 hop cultivars. In cultivar identification, capillary electrophoresis is more efficient than autoradiography. First, it was more sensitive in detection of fragments that allowed observation of the instability in the locus 7a82 due to the small size differences of its alleles. Additionally, the fluorescent detection of fragments was a nonsubjective technique suitable of automation that increased the flexibility of work because no radioactive labeling or long vertical polyacrylamide electrophoresis was needed. Only two cultivars, Hersbrucker and Hallertauer, were indistinguishable, but further molecular analysis revealed that both were included in a separate cluster within the European hop cultivars. The statistical analysis of fluorescence and radioactive detection data including allelic frequencies, heterozygosity, and probability of identity are displayed in this study, which corroborates the following advantages of the capillary electrophoresis technique: high sensitivity, amenable to automation, and its nonsubjectivity. Therefore, fluorescent-labeled primer microsatellite detection by capillary electrophoresis is a powerful tool in cultivar identification for hop breeders, merchants, and brewers. Keywords: DNA typing, Fluorescence detection, Humulus lupulus, STS
Evaluación de la Detección Microsatélite Usando Autoradiografía y
Electroforesis Capilar en Lúpulo
Dos técnicas de detección de sitios de secuencia identificada (STS) fueron utilizadas en la identificación de 25 variedades de lúpulo. En identificación de variedad, electroforesis capilar es más eficiente que autoradiografía. En primero, fue más sensible en detección de fragmentos que permitieron la observación de inestabilidad en el locus 7a82 debido a las diferencias pequeñas del tamaño de sus hálelos. Además, la detección fluorescente de fragmentos fue una técnica no subjetiva conveniente de automatización que aumentó la flexibilidad de trabajo porque no fue necesario ninguna marca radiactiva o electroforesis poliacrilamida vertical larga. Solamente dos variedades, Hersbrucker y Hallertauer, fueron indistinguibles, pero análisis molecular adicional reveló que ambos fueron incluidos en un grupo separado dentro de las variedades europeas de lúpulo. El análisis estadístico de datos de detección de fluorescencia y radiactividad incluyendo frecuencias de hálelos, heterocigosidad, y probabilidad de identidad se exhiben en este estudio, que corrobora las ventajas siguientes de la técnica electroforesis capilar: alta sensibilidad, favorables a la automatización, y su no subjetividad. Por lo tanto, la detección microsatélite de indicadores marcados con fluorescente por electroforesis capilar es una herramienta de gran alcance para identificar variedades de lúpulo por criadores, comerciantes, y cerveceros. Palabras claves: Detección fluorescencia, Identificación DNA, Humulus lupulus, STS