VIEW ARTICLE    http://dx.doi.org/10.1094/ASBCJ-2014-0610-02

Detection and Identification of Pectinatus Brewery Contaminants Based on the Gene for the Major Outer Membrane Protein. Vanessa Pittet, Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of Saskatchewan, Room 2841 Royal University Hospital, 103 Hospital Drive, Saskatoon, SK Canada S7N 0W8, and Contango Strategies Ltd, 15-410 Downey Road, Saskatoon, SK Canada S7N 4N1; Monique Haakensen, Contango Strategies Ltd, 15-410 Downey Road, Saskatoon, SK Canada S7N 4N1; Bonnie Chaban, Department of Veterinary Microbiology, University of Saskatchewan, 52 Campus Drive, Saskatoon, SK Canada, S7N 5B4; and Barry Ziola (1), Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of Saskatchewan, Room 2841 Royal University Hospital, 103 Hospital Drive, Saskatoon, SK Canada S7N 0W8. (1) Corresponding author. E-mail: <b.ziola@usask.ca>, phone: +1-306-966-4330, fax: +1-306-655-0235. J. Am. Soc. Brew. Chem. 72(3):169-174, 2014.

Considering the recurrence of Pectinatus in breweries, detection and differentiation of contaminating isolates is important for quality control to mitigate recurring or newly developed spoilage problems. As a potential new PCR target, the gene for a major outer membrane protein (OMP) was sequenced for three species of Pectinatus, including one Pectinatus haikarae, two P. cerevisiiphilus, and three P. frisingensis isolates. Conserved regions in the OMP gene enabled the design of a multiplex PCR that concurrently targets all three species. The multiplex PCR demonstrates specificity for brewery Pectinatus isolates, and does not amplify DNA from various Megasphaera, Selenomonas, or Zymophilus species. Additionally, the OMP gene contains variable regions that allow for differentiation of Pectinatus strains. As such, by sequencing individual PCR amplicons, it is possible to determine if the Pectinatus contaminant is new or recurring. Furthermore, by targeting the OMP gene, strain-specific Pectinatus detection methods can be designed to enable rapid monitoring and quality control of recurring Pectinatus contaminants within a given brewery. Keywords: Bacterial detection, Beer spoilage, Brewery, Major outer membrane protein, PCR, Pectinatus

Teniendo en cuenta la recurrencia de Pectinatus en las cervecerías, la detección y la diferenciación de las cepas de contaminación son importantes para el control de calidad para mitigar los problemas de deterioro que son recurrentes o recientemente desarrollados. Como un nuevo objetivo potencial de PCR, el gen para una proteína principal de la membrana externa (OMP) se secuenció para tres especies de Pectinatus, incluyendo uno de Pectinatus haikarae, dos cepas de P. cerevisiiphilus, y tres cepas de P. frisingensis. Las regiones conservadas en el gen OMP permitieron el diseño de una PCR múltiplex que se dirige a todas las tres especies al mismo tiempo. La PCR múltiplex demuestra especificidad para cepas de Pectinatus en la cervecería, y no amplifica el ADN de diversas especies de Megasphaera, Selenomonas, o Zymophilus. Además, el gen de OMP contiene regiones variables que permiten la diferenciación entre las cepas de Pectinatus. Como tal, mediante la secuenciación de amplicones individuales de PCR, es posible a determinar si el contaminante Pectinatus es nuevo o recurrente. Por otra parte, por la focalización en el gen OMP, los métodos de detección de las cepas específica de Pectinatus pueden ser diseñados para permitir la supervisión rápida y control de calidad de los recurrentes contaminantes de Pectinatus dentro de una cervecería. Palabras claves: Cervecería, Detección bacteriana, Deterioro de la cerveza, PCR, Pectinatus, Principal proteína de la membrana externa