VIEW ARTICLE    http://dx.doi.org/10.1094/ASBCJ-2014-0110-01

Comparison of DNA Extraction Methods in Terms of Yield, Purity, Long-Term Storage, and Downstream Manipulation with Brewer's Yeast Chromosomal DNA. Jana Kopecká (1), Institute of Experimental Biology, Faculty of Science, Masaryk University, Kotlářská 2, 611 37 Brno, Czech Republic; Dagmar Matoulková, Department of Microbiology, Research Institute of Brewing and Malting, Lípová 15, 120 44 Prague, Czech Republic; Miroslav Němec, Institute of Experimental Biology, Faculty of Science, Masaryk University; and Markéta Jelínková and Jürgen Felsberg, Institute of Microbiology, Academy of Sciences of the Czech Republic, v.v.i., Vídeňská 1083, 142 20 Prague, Czech Republic. (1) Corresponding author: Phone: +420 549 496 361; fax +420 549 492 570; E-mail: <223187@mail.muni.cz>. J. Am. Soc. Brew. Chem. 72(1):1-5, 2014.

Five methods of DNA isolation (a "classical" phenol/chloroform extraction and four commercially available kits) were compared in terms of the yield, purity, integrity, and stability of extracted DNA from both laboratory and industrial yeast strains. DNA isolation with commercial kits employing silica-based adsorption columns mostly gave lower yields of DNA. The integrity of DNA soon declines and after 6 months of storage under the manufacturer's instructions, it was almost fully degraded. Isolation of DNA using bead breaking of cells resulted in very low yield and also low purity of the DNA. The use of a commercial kit without silica columns and phenol/chloroform treatment as well as the traditional phenol/chloroform extraction were certainly more time consuming, but the extracted DNA was of high purity and concentration, with minimal damage, stable over months, and usable for subsequent molecular analyses (cloning, PCR, RFLP, DNA sequencing). Only one kit based on lyticase treatment, salting out without phenol/chloroform treatment, and "classical" phenol/chloroform extraction method allowed us to isolate a high yield of DNA with sufficient purity and stability in comparison with the use of commercial kits based on silica columns. Keywords: Brewer's yeast, Isolation of DNA, Phenol/chloroform extraction, Purification

Se compararon cinco métodos para el aislamiento de ADN (una extracción "clásica" con fenol/cloroformo y cuatro kits comerciales) en cuanto a rendimiento, pureza, integridad y estabilidad del ADN extraído, tanto de cepas industriales como de laboratorio. Los kits comerciales para el aislamiento de ADN que utilizan columnas de absorción usando sílice por lo general tuvieron menores rendimientos de ADN. La integridad del ADN disminuye prontamente y a los seis meses de almacenaje, siguiendo las instrucciones del fabricante, se encontraba el ADN casi totalmente degradado. El aislamiento del ADN mediante la rotura de las cuentas de las células resultó en un muy bajo rendimiento y baja pureza del ADN. El uso de kits comerciales sin columnas de sílice ni tratamiento con fenol/cloroformo, como también el procedimiento tradicional con extracción fenol/cloroformo, consume más tiempo pero el ADN extraído es de alta pureza y concentración con un mínimo de daño y es estable a lo largo de varios meses; el ADN extraído de esta manera puede ser utilizado para el análisis molecular (clonificación, PCR, RFLP, decuenciamiento del ADN). Únicamente un kit, con un tratamiento liticaso sin subsiguiente tratamiento con fenol/cloroformo, y el propio método con la extracción clásica con fenol/cloroformo, nos permitió aislar el ADN con un alto rendimiento y suficiente pureza y estabilidad en comparación con lo obtenido usando kits comerciales basados en columnas de sílice. Palabras claves: Aislamiento del ADN, Extracción por fenol/cloroformo, Levadura cervecera, Purificación