VIEW ARTICLE DOI: 10.1094/ASBCJ-59-0117
Novel Quantitative Method for Detection of Pectinatus Using rRNA Targeted Fluorescent Probes. Takaomi Yasuhara (1), Toshifumi Yuuki, and Noboru Kagami, Brewing Research and Development Laboratory, Asahi Breweries, Ltd., 1-21, Midori, 1-Chome, Moriya-machi, Kitasoma-gun, Ibaraki, 302-0106 Japan. (1) Corresponding author. Phone: +81-297-46-1513; FAX: +81-297-46-1514; E-mail: <takaomi.yasuhara@asahibeer.co.jp> J. Am. Soc. Brew. Chem. 59(3):117-121, 2001. Accepted January 29, 2001.
A fluorescent in situ hybridization (FISH) technique, based on binding of a fluorescein-labelled oligonucleotide probe to rRNA, was used to determine a viable population of bacteria. We designed the oligonucleotide probes targeted to 16S rRNA of anaerobic beer-spoilage bacteria belonging to the genus Pectinatus and assessed the sensitivity and specificity of the FISH method using the bacteria spiked into beer. The FISH technique could be applied directly to the beer samples without a culturing step, which typically requires several days. This method was able to detect beer-spoilage bacteria in a species-specific manner within 5 hr. In addition, we developed another useful application of the FISH, a quantitative method using an internal control for enumeration. Keywords: Beer-spoilage bacteria, Fluorescence in situ hybridization, Oligonucleotide, rRNA
Un nuevo
método para
la detección
cuantitativa
de Pectinatus
que utiliza
sondas fluorescentes
dirigidas contra
el ARN ribosomal
Para determinar una población de bacterias viables hemos utilizado una técnica de fluorescencia por hibridación in situ (FISH) basada en la unión al ARN ribosomal de una sonda formada por un oligonucleótido marcado con fluoresceína. Dichos oligonucleotidos empleados como sondas se diseñaron de forma que estuvieran dirigidos contra el ARN ribosomal 16S de las bacteria anaeróbicas del género Pectinatus, que son capaces de estropear la cerveza, y determinamos la sensibilidad y la especificidad del método FISH mediante la adición de bacterias a la cerveza. La técnica FISH se puede aplicar directamente sobre muestras de cerveza, sin necesidad de un paso previo de cultivo, lo que normalmente requeriría varios días. Este método fue capaz de detectar en cinco horas y de forma específica el mencionado género de bacterias capaces de estropear la cerveza. Además, también desarrollamos otra aplicación útil de la técnica FISH: un método cuantitativo que hace uso de un control interno para el recuento. Palabras clave: Bacterias capaces de estropear la cerveza, Fluorescencia por hibridación in situ, Oligonucleótido, ARN ribosomal